To že pdf nezaručuje z podstaty vůbec nic a to ani zpětnou kompatibilitu novějších čteček se staršími soubory je zřejmé i z toho, že se pro dlouhodobou archivaci používá pdf/a.
U i bezchybného pdf (a to i ve variantě pdf/a) jste schopen zaručit korektnost zobrazení jen v konkrétním prohlížeči (obecně v tom, který správně tento formát interpretuje). A korektní zobrazení v konkrétním prohlížeči (obecně v tom, který tyto formáty správně interpretuje), jste schopen i u bezchybného epub/mobi.
Tak samozřejmě, pokud vaše publikační workflow používá pdf jako zdroj textu, ze kterého vytváříte epub/mobi, tak narazíte zcela po zásluze.
btw ten čtečkový formát epub je jen zabalené html, které odstavce, diakritiku, tabulky a další prvky bez problému zvládne. Maximálně je nezvládne ten program, co to zobrazuje a to nemusí umět ani ta prohlížečka pdf ve čtečce.