V takovém případě je dobré používat dodatečné šifrování na úrovni uživatele, které Vám zajistí například zdarma stažitelný TrueCrypt.
O použití aplikací DropBox & TrueCrypt se zmiňuje článek na technetu.
Vaše soubory jsou tak uložené v zašifrovaném souboru (kontejneru) TrueCryptu a do cloudu na server se přenáší pouze tento Vámi zašifrovaný soubor.
Jelikož se většinou jedná o synchronizaci textových dokumentů a tabulek, které nezabírají mnoho místa, tak není problém použít nejsilnější kombinaci šifer AES-Twofish-Serpent a na rychlosti to nijak nepoznáte i u slabších počítačů.
Pro vyšší bezpečnost můžete kromě hesla požadovat k otevření i keyfiles. Zašifrovaný kontejner pak otevře jen vlastník souborů keyfiles, který zároveň zná heslo.
Ohledně síly zabezpečení jenom podotýkám, že jen při zabezpečení šifrou AES pomocí TrueCryptu nedokázala zašifrovaná data získat ani policie z Brazílie a ani FBI z USA.
Takže data můžete mít pravidelně synchronizovaná na cloudu a zároveň i vysoce zabezpečená před každým nepovolaným.